Er bestaat een sterke discussie over het oorspronkeljke leefgebied van de karper. Dat is het gebied van de rond de Zwarte Zee, de Kaspische Zee en het Aral Meer. Vooral in de delta's van Donau, Illi en de Oeral komt de karper veel voor. Vandaar heeft de karper zich al dan niet met behulp van de mens verspreid van de delta van de Rijn tot aan de Amoer in Noord China en zijn een oostelijke en een westelijke ondersoort ontstaan.

Recent genetisch onderzoek heeft aangetoond dat de boerenkarper een wilde karpersoort is die gerekend kan worden tot de wilde Europese karper. De oudste archeologische resten van de karpers dateren waarschijnlijk uit de twaalfde eeuw. Bij Houten zijn resten van karper gevonden uit materiaal dat op grond van aardewerkdatering uit de elfde of twaalfde eeuw stamt. De eerste historische gegevens zijn wat later; uit 1342. Er is geen zekerheid over de manier waarop wilde karpers het Rijnstroomgebied hebben weten te bereiken. Oorspronkelijk werd gedacht dat de karpers door de Romeinen en later de kloosterlingen ingevoerd zijn. Gezien de lange periode tussen het begin van de romeinse visteelt en de eerste vondsten van karper in de twaalfde eeuw zou het voor de hand liggen dat de boerenkarpers dan sterke gelijkenis zouden vertonen met de kweekkarpers die we nu kennen en niet met wilde karper. Genetische en morfologische eigenschappen weerspreken dat. Het meest waarschijnlijk is dat wilde karper uit de Donau via onbekende weg ergens in de Middeleeuwen het Rijnstroomgebied heeft weten te bereiken en zich via de rivier verder heeft verspreid. Een alternatief is dat de karper al sinds prehistorische tijd als relictpopulatie aanwezig was, maar dat zou dan ondersteund moeten worden met archeologisch materiaal. Gezien de goede conservering van visresten in het Westen van ons land en het aantal opgravingen dat al is gedaan ligt dat zeker niet voor de hand.

De wilde karpers kwamen tot het begin van de twintigste eeuw veel in de rivieren en het IJsselmeer voor, maar door de massale uitzettingen van gekweekte karpers in de twintigste eeuw trad al snel vermenging met gekweekte karpers op. Tegenwoordig wordt op de grote rivieren geen wildtype karper meer gevangen. Wilde karpers staan op de Europese lijst van bedreigde diersoorten. Het is dus belangrijk dat er duidelijkheid ontstaat over de status en de verspreiding van de Nederlandse wilde karper. Ook in Nederland wordt de boerenkarper waarschijnlijk bedreigd door vermenging met grote hoeveelheden uitgezette karpers.